1989 m. Vilniaus m. evangelinio tikėjimo krikščionių bendruomenės „Maldos namai“ patalpose buvo pradėta bažnyčios tarnautojų lavinimo programa, kuri buvo pavadinta „Pastorių ruošimo mokykla“. Tuo metu buvo naudojami ICI (tarptautinis neakivaizdinių kursų institutas) ir BEE (neakivaizdinis biblinis lavinimas) vadovėliai. Mokyti atvykdavo tuometinio neakivaizdinių studijų instituto „Logos“ dėstytojai. Vėliau (1997 m.) ši programa tapo koledžo neakivaizdinių studijų fakultetu.
1991 m. LRETKS sudarė 3 bažnyčios. Iki 1993 m. pabaigos buvo įsteigtos 9 naujos bažnyčios. Būtent tuo metu Ivanas Škulis, tuo metu Sąjungos vice-prezidentas, atsakingas už naujų bažnyčių steigimą, ir Rimantas Kupstys – vadovaujantis Sąjungos vidinių ir tarpbažnytinių ryšių skyriui (dabartiniu metu Sąjungos vyskupas) bei Vladimir Zdanevič – Sąjungos švietimo skyriaus vadovas, susitiko su Bob Mackish (tuometiniu Dievo Asamblėjų Baltijos bei Buvusios Tarybų Sąjungos šalių regiono direktoriumi), kad aptartų sekmininkiško Biblijos koledžo poreikį. Jie matė didžiulį stygių dvasinių lyderių, kurie įkvėptų tikinčiuosius darbuotis dėl Dievo.
1995 m. rugsėjo mėn. koledžas atvėrė duris 12 studentų, kurie įstojo į dviejų metų (64 kreditų) dieninę programą (Teologijos ir krikščioniško išsilavinimo diplomas). Koledžo direktoriumi buvo paskirtas Sąjungos vice-prezidentas Ivanas Škulis. Dievo Asamblėjų misionierius Lietuvoje Rick Lang tapo pirmuoju koledžo akademiniu dekanu. Jis kartu su žmona Diana buvo ir pirmieji koledžo dėstytojai.
1996 m. rudenį buvo pradėtas vakarinis kursas, kuriame studentai studijavo tą pačią 64 kreditų programą, tik ji buvo išplėsta iki ketverių metų.
1998 m. buvo pradeda speciali programa pastoriams ir bažnyčios tarnautojams. Mokslo metų laikotarpyje jie studijavo koledže rengiamuose intensyvaus kurso seminaruose.
Koledžo dieniniame skyriuje sumažėjus studentų skaičiui buvo mąstoma kaip padėti tarnautojams, kurie negali mokytis išvykti ilgam laikui. Koledžo direktorių valdyba priėmė sprendimą vykti arčiau norinčiųjų studijuoti. 2001 m. Vilniuje buvo atidarytas pirmasis neakivaizdinių studijų centras, 2002 m. – Klaipėdoje ir 2003 m. – Panevėžyje.
2004 m. koledže buvo pradėta neakivaizdinė bakalauro programa „Biblija ir bažnyčios tarnavimas“.
2005 m. buvo priimtas sprendimas laikinai sustabdyti koledžo dieninio skyriaus veiklą.
Dabartiniu metu koledžą jau yra baigę 406 studentai.
Koledže dėstoma lietuvių, kartais rusų ir anglų kalbomis (verčiant į lietuvių k.). Dėsto vietiniai dėstytojai ar Dievo Asamblėjų misionieriai, gyvenantys Vilniuje.
2005 m. koledžas pradėjo bendradarbiauti su „Biblijos lygos“ organizacija. Kartu su „Biblijos lyga“ yra paruošta dviejų metų neakivaizdinių studijų programa, skirta misionierių ir namų grupių lyderių paruošimui. 2007 m. kovo 3 d. Vilniuje pirma studentų grupė baigė šią programą. 2007 m. rugsėjo mėn. nauja Kauno regiono tarnautojų grupė studijas pradėjo Kaune, spalio mėn. pradėta grupė Vilniuje, Vilniaus regiono tarnautojams.
2007 m. rugsėjo 15 d. duris atvėrė dar vienas neakivaizdinių studijų centras Kėdainių mieste.
Nuo 2007 m. sausio mėn. pagal bažnyčių poreikį koledžo dėstytojai gali atvykti ir vietinėse bažnyčiose dėstyti trumpalaikius kursus:
1. Jaunojo pamokslininko mokykla (trukmė 5 mėn.; 1 kartą per savaitę; jauniems bažnyčioms pamokslininkams; dėstytojai Ivanas Škulis ir Boris Filon.
2. Mokymas apie Šv. Dvasią. Įžanga. (dėstytojas Ivanas Škulis)
3. Dvasinės dovanos. (dėstytojas Ivanas Škulis)
4. Dievas – santuokos autorius. Kursas norintiems tuoktis. (dėstytojas Ivanas Škulis)
5. „Biblija apie santuoką“ – mokykla susituokusioms poroms. (14 paskaitų; 1 kartą per savaitę; dėstytojas Ivanas Škulis).
VTK yra sukaupta nemažai teologinių knygų. Bibliotekoje yra daugiau nei 12300 vienetų knygų, daugiau nei 4900 skirtingų pavadinimų. Koledžas stengiasi, kad pagrindiniai kurso vadovėliai būtų išversti į lietuvių kalbą.
Bibliotekoje yra audio/video, kompiuterinė medžiaga. Koledžo video sukaupta medžiaga, taip pat ir pagrindiniai kursų vadovėliai yra konvertuojama į skaitmeninį formatą.
